情報システム部署が一番情報に疎い

……まで言うと言い過ぎかも知れないけど、少なくとも「発信文書を社内サーバに上げて手動でリンク」なんて発想、とてもシステム系部署とは思えない。そこは社内グループウェアでの管理(各部署担当者が直接アップロードして公示/自動でインデクシング/全文検索可能)が妥当だろう。
ていうか、そのグループウェアのメニューがどうして別途(Excelから書き出した)静的HTMLで管理されてるんだ。グループウェアの役割は何なのか。「メニューが使い難い」て、そんなものリニューアルの最初期段階で要件定義の上適切に設計しておけば解決していた筈の問題である。単に「古くなったから置き換え」以上の動機なく、碌に検分もしないまま採用するから悪いってだけの話じゃないか。