置換が重い

Excelから吐き出された38000行あまりのHTMLを一括置換して不要部分の削除を行なう。

矢鱈とコメントアウトされた埋め込み処理部が目立つので、一度改行を削除したデータにs///で置換をかけてコメント部分を一括削除しようと思ったのだが、2時間経ってまだプログレスバーが10%程度しか伸びない。

どうやったら軽く処理できるだろうか。やっぱり分割しか手がないか?