OpenOffice.orgもAquaSKKもオープンソースでありながら非常に使い勝手の良いソフトウェアで愛用しているが、大変残念ながら両者は折り合いが悪い。OOo-Calcで日本語を入力しようとしたとき、しばしばアイウエオが英字で入力されたり、変換したものが入力されずに消えたりする。
AquaSKK導入以前にはそのような問題は起きていなかったような気がするのだがはっきりしない。解決法も(OOoでの作業時のみことえりに戻す以外で)見出していない。今のところはテキストエディタを立ち上げて入力、コピー&ペーストで乗り切っている。